Aufgewachsen in Japan studierte Yukiko Yaita Blockflote an der Ueno Gakuen Universitat in Tokyo bei Shigeharu Yamaoka mit abschliessendem Diplom. Anschliessend kam sie in die Schweiz an die Musikhochschule Zurich zu Kees Boeke, wo sie ihr Konzertdiplom fur Blockflote mit Auszeichnung erlangte. Darauf studierte sie mittelalterliche Musik an der Schola Cantorum in Basel bei Crawford Young.
Mit ihrem Ensemble Dulce Melos fur mittelalterliche Musik spielte sie zahlreiche Konzerte in der Schweiz, in Deutschland sowie in den USA. So trat sie etwa am Boston Early Music Festival, am Festival Montalbane in Naumburg oder bei den Freunden Alter Musik in Basel auf. 2005 spielte das Ensemble Dulce Melos das Lochamer Liederbuch beim Label Naxos auf CD ein.
In Japan ist Yukiko Yaita Mitglied des Blockflotenquartetts Stella sowie des Barockensembles Les Cinq Sens, mit dem sie zahlreiche CDs eingespielt hat. 2009 wurde sie mit diesen Ensembles ans Tokyo Recorder Festival eingeladen. Ausserdem spielte sie mit dem Bach Collegium Japan und dem Zurcher Kammerorchester unter der Leitung von Masaaki Suzuki und Maurice Steger.
2009 trat Yukiko Yaita mit dem Barockorchester Capriccio Basel als Solistin in einem Flotenkonzert von Antonio Vivaldi auf.
Schon wahrend ihres Studiums in Japan begann sie Blockfloten zu bauen. Seit 2007 arbeitet sie als Blockflotenbauerin bei der Firma Kung in Schaffhausen.